Nach den Vorschriften des Infektionsschutzgesetzes und der Trinkwasserverordnung muss Trinkwasser so beschaffen sein, dass durch seinen Genuss oder Gebrauch eine Schädigung der menschlichen Gesundheit, insbesondere durch Krankheitserreger, nicht zu besorgen ist. Für die Einhaltung dieser Anforderung ist der Betreiber der Trinkwasserversorgungsanlage zuständig. Er hat sein Trinkwasser mittels Probennahmen durch ein speziell dafür zugelassenes Labor zu überwachen. Zusätzlich werden Trinkwasserversorgungsanlagen durch die staatlichen Gesundheitsämter amtlich überwacht.

Für den Grundwasserschutz und damit den Schutz der Trinkwasserressource ist die Wasserwirtschaftsverwaltung zuständig.

Auch Schwimm- oder Badebeckenwasser sowie Schwimm- oder Badeteichwasser in Gewerbebetrieben, öffentlichen Bädern sowie in sonstigen nicht ausschließlich privat genutzten Einrichtungen muss nach den Vorschriften des Infektionsschutzgesetzes so beschaffen sein, dass durch seinen Gebrauch eine Schädigung der menschlichen Gesundheit, insbesondere durch Krankheitserreger, nicht zu besorgen ist. Der Betreiber eines Schwimm- oder Badebeckens bzw. eines Schwimm- oder Badeteichs ist dafür verantwortlich, dass die Wasserqualität den gesetzlichen Anforderungen entspricht. Dies stellt er insbesondere durch Probennahmen sicher. Daneben werden Schwimmbäder und Badeteichanlagen durch die Gesundheitsämter amtlich überwacht.

Der Unternehmer oder sonstige Inhaber einer Wassergewinnungs- oder Wasserversorgungsanlage, eines Schwimm- oder Badebeckens oder eines Schwimm- oder Badeteichs hat die ihm obliegenden Wasseruntersuchungen auf eigene Kosten durchzuführen oder durchführen zu lassen. Er hat auch die Kosten (Gebühren und Auslagen) der Wasseruntersuchungen zu tragen, die das Gesundheitsamt durchführt oder durchführen lässt.

In Bayern wurden im Jahr 2020 an 294 Seen 377 EU-Badestellen ausgewiesen. Die Wasserqualität an diesen EU-Badestellen unterliegt der regelmäßigen Überwachung durch die Gesundheitsämter. In der Badesaison (15. Mai bis 15. September) werden dazu monatlich Wasserproben entnommen. Zusätzlich erfolgt eine Probe kurz vor der Badesaison. Insgesamt wurden im Jahr 2020 über 1400 Proben zur Routineüberwachung gezogen.